В октябре 1941 года Бородинское поле вновь стало местом ожесточенных боев. На шесть дней воины 5-й армии задержали здесь рвавшихся к Москве немецко-фашистских захватчиков. В результате артобстрелов и бомбежек пострадали памятники. В здании музея немцы устроили скотобойню, а при отступлении сожгли. Сгорели отдельные постройки монастыря, в том числе и дом игуменьи Марии, в пепелище превратилось здание дворца в селе Бородино.

23 января жители Можайска приветствовали освободителей, собравшись на митинг. Обращаясь к его участникам, командующий 5-й армией, генерал-лейтенант Л.А. Говоров, сказал: «Можайск – старинный русский город. Он был живым свидетелем разгрома наполеоновских полчищ. Он является живым свидетелем начала разгрома немецко-фашистских орд». Советские войска продвигались вперёд. Их путь лежал мимо командного пункта Кутузова. Возле обелиска с парящим орлом и надписью: «Неприятель отражён на всех пунктах» – воинские части отдавали салют в честь освобождения Бородинского поля. Рядом с памятником полководцу находится сейчас могила трёх гвардии сержантов – А.В. Аханова, В.И. Кадцина, А.А. Соснина – трёх из тех тысяч героев, которые отдали жизнь за свободу нашей Родины.

Экспонаты музея удалось спасти. В октябре 1941-го они были вывезены в Москву, а затем в Алма-Ату. В 1944 году музейные экспонаты заняли свои прежние места в капитально отремонтированном здании в центре Бородинского поля, открытом для посетителей 15 октября. В фондах музея собрано и хранится более 40 тыс. экспонатов. Среди музейных раритетов – личные вещи императора Александра I, фельдмаршала М.И. Кутузова, русских и зарубежных полководцев, трофеи из обоза Наполеона, документы и регалии советских военачальников и рядовых защитников Москвы в 1941-42 гг.
В одном из монастырских зданий, где с июля по октябрь 1941 года размещался передвижной госпиталь, открыта экспозиция «Бородино в годы Великой Отечественной войны».

Памятники двух Отечественных войн, неразрывно связанные между собой одним полем, создают яркую картину героических традиций, преемственности поколений.

9 мая 2019 года Бородино вместе со всей Россией празднует «День Победы» с приглашением ветеранов, выносом полковых знамен, отданием воинских почестей павшим, поминовением погибших на Бородинском поле.
В этот день вы сможете посетить экспозиции музея, принять участие в торжественном церемониале, послушать военные песни, попробовать кашу из полевой кухни, побывать в фотозоне. Это интерактивная площадка, где можно сфотографироваться в верхнем солдатском обмундировании (головные уборы и плащ-палатка) с оружием времён Великой Отечественной войны.